Desde que se hubiera destapado la Operación Puerto en mayo de 2006 hasta el juicio del caso en los primeros meses de 2013 habían transcurrido casi siete años. Además se descartó la investigación sobre los otros posibles delitos derivados de la actividad del entramado, como la evasión fiscal y el blanqueo de capitales. El propósito del juicio era determinar si se había cometido un delito contra la salud pública, al no ser el dopaje un delito según la legislación vigente en España en el momento de los hechos, por lo que ningún deportista cliente de la supuesta red figuraría entre los imputados. Cabe destacar a Alberto Contador, quien lograría la triple corona (Tour de Francia, Giro de Italia y Vuelta a España) con los equipos ProTour Discovery Channel y Astana.​​ Otros con esa misma fortuna fueron Luis León Sánchez,​ Allan Davis​ y Sérgio Paulinho,​ entre otros. Ciclistas como Isidro Nozal y Eladio Jiménez, por su parte, pasaron por el Karpin Galicia (cuyo director era Álvaro Pino, también implicado),​ para terminar en modestos equipos portugueses,​​ al igual que Rubén Plaza y Constantino Zaballa (aunque estos dos últimos tras haber corrido en el ProTour con el Caisse d’Epargne).​​ Algunos ciclistas, tras ser despedidos de sus equipos (en cumplimiento del Código Ético del UCI ProTour), consiguieron encontrar acomodo en equipos ciclistas de menor categoría (Continental) al tener cerradas las puertas de los equipos más potentes (los ProTeam).​

Extraños sucesos en el Giro de Italia 2006

A pesar de que todos ellos fueron identificados por la Guardia Civil como clientes de la red de dopaje de Fuentes (e incluso en algunos casos confirmados y sancionados por ello) durante ese Giro 2006 en concreto, la organización del Giro de Italia no les descalificó ni retiró de sus clasificaciones, por lo que todos ellos mantienen oficialmente sus victorias, podios y maglia rosa en esa edición de la ronda italiana. Según el semanario español Interviú, el boxeador español Kiko La Sensación Martínez, campeón de Europa de peso supergallo, sería cliente de la red de dopaje desarticulada.​ El púgil llevó el caso a los tribunales por atentar contra su honor y daños morales.​ Los investigadores apuntaron desde un primer momento que entre los clientes de la red de dopaje desarticulada había tenistas, afirmación corroborada por el propio Eufemiano Fuentes en sendas entrevistas a la Cadena SER y al diario Le Monde.​​ Ante los rumores de que Rafael Nadal (entonces número dos del mundo) fuese uno de esos clientes,​​ la ministra de Educación y Deportes española Mercedes Cabrera y el Secretario de Estado para el Deporte Jaime Lissavetzky anunciaron que no había ningún tenista (ni español ni extranjero) en el sumario.​ El escándalo asociado creció al confirmar públicamente Eufemiano Fuentes, en sendas entrevistas a la Cadena SER y al diario Le Monde, que los ciclistas apenas suponían una parte de su cartera de clientes, que incluía a futbolistas (de Primera y Segunda División), tenistas o atletas.​​​Asimismo, Fuentes declaró que el hecho de que no salieran deportistas de esas disciplinas como implicados se debía a que esos deportes tenían más poder que el ciclismo, y que de conocerse la identidad de los deportistas no ciclistas que acudían a él podría costar el cargo a quien dirigía el deporte en España, Jaime Lissavetzky (Secretario de Estado para el Deporte).​ Esto se debe a que el juez Serrano, al decidir que solo se investigaría un presunto delito contra la salud pública (al no ser el dopaje un delito en España), prohibió a los investigadores acceder al contenido de los dos ordenadores incautados en los registros, y que presumiblemente tendrían abundante información y más nombres (en clave o reales) de deportistas de otras disciplinas ajenas al ciclismo, como el fútbol y el tenis. Se da la circunstancia de que algunos de los clientes con nombre en clave no identificado estaban siendo tratados por la red de dopaje para ese mismo año 2006, con extracciones sanguíneas realizadas con fecha posterior al inicio de los seguimientos del instituto armado en febrero (incluyendo sus grabaciones de vídeo sobre las entradas y salidas en las instalaciones de la red).​​ Así, mientras algunos clientes tratados para 2006 fueron grabados y por tanto identificados, otros no lo fueron.

Investigación de la Guardia Civil

Lissavetzky y el CSD dijeron que no había ni futbolistas ni tenistas implicados en la Operación Puerto, sino únicamente ciclistas.​​ Estas declaraciones contradecían a lo expresado al inicio de la investigación por la Guardia Civil y a las afirmaciones realizadas por el doctor Fuentes. Algunos de los clientes de la red de dopaje que figuraban con nombres en clave en los manuscritos y la documentación incautada durante las detenciones y registros del 23 de mayo de 2006 no pudieron ser identificados por la Guardia Civil. En todos los casos confirmados (siendo exonerado de su sanción Giampaolo Caruso por orden del TAS), los nombres de los ciclistas ya aparecían en el informe completo que la Guardia Civil envió al juez Serrano, salvo en el caso de Alejandro Valverde. El 11 de mayo, el Tribunal Nacional Antidopaje del CONI (máximo organismo deportivo italiano), atendiendo a las pruebas presentadas y a la petición de Torri, consideró probado que Valverde era cliente de la red de dopaje del Dr. Fuentes desarticulada en la Operación Puerto y sentenció una sanción de dos años de suspensión para Valverde en territorio italiano,​ que podría ser universalizada por la UCI a todo el mundo.​ Valverde se convertía así en el primer cliente confirmado que no había sido identificado previamente por la Guardia Civil, y también en el primer deportista español confirmado. El CONI obtuvo esas 42 muestras gracias a la autorización dada por la jueza suplente del Juzgado de Instrucción n.º 31 de Madrid (España), Ana Teresa Jiménez Valverde, cuando el juez titular Antonio Serrano (quien se había negado anteriormente en varias ocasiones a facilitar las pruebas de la investigación) se encontraba de vacaciones.​​

Los siete restaurantes malagueños del Top100

• La magistrada negó a las autoridades deportivas personadas en el caso el acceso a las pruebas documentales y físicas, como las bolsas de sangre que aún permanecían bajo tutela judicial; con esa medida imposibilitaba la identificación y en su caso sanción deportiva de los clientes de la red de dopaje (en forma de suspensión y/o anulación de resultados).
• Un hotel de lujo será construido para dar cabida a más de 25 millones de pasajeros anuales que pasarán por el aeropuerto.
• ¿Buscas restaurantes en el puerto de Málaga que incluyan cena y espectáculo?
• El 14 de septiembre de 2006, como consecuencia de una investigación dirigida por el fiscal de Bonn Friedrich Apostel que investigaba un presunto delito de fraude a su equipo, la policía entró en la casa de Jan Ullrich (identificado por la Guardia Civil como cliente de la red de dopaje de Eufemiano Fuentes) de Suiza y recopiló material de ADN mientras Ullrich estaba de luna de miel con su esposa Sara.​​ Los abogados de Ullrich lograron que las muestras tomadas en Suiza no pudieran ser utilizadas para cotejar el ADN de Ullrich con la sangre de la Operación Puerto,​ aunque el corredor accedió a dar una muestra de saliva a las autoridades alemanas.​
• Al no ser el dopaje un delito en ese momento en España, el juez Serrano solo estudió un posible delito contra la salud pública, que solo incriminaría a los responsables de la red, no a sus clientes (los deportistas).

Marisquería Godoy abrió sus puertas en 1989 en la barriada de El Palo donde, durante más de 20 años, Juan Godoy ha ofrecido a sus clientes el mejor género de la Bahía de Málaga. Este restaurante de hotel se distingue por su cocina mediterránea con toques internacionales, elaborada con esmero y pasión en sus fogones. Su trayectoria internacional continuó en Reino Unido, donde ejerció como chef ejecutivo de un grupo hostelero con 16 restaurantes en Londres. Su carrera empezó pronto, con apenas 16 años, en el restaurante Pathelin. Recomendado por la Guía Michelin, proponen una cocina de mercado y de producto de temporada, con platos de nacen del recetario tradicional para reinterpretarlo, con una mirada en al alta cocina. En esta cocina marinera, los productos del mar y la pesca del mar de Alborán y otros puertos del Mediterráneo son los protagonistas.

Desde el primer momento en que se conoció el caso, la Guardia Civil subrayó que entre los implicados había deportistas de élite de numerosas disciplinas (fútbol, tenis, boxeo, ciclismo y atletismo), de quienes incluso tenían vídeos y grabaciones.​ En caso de utilizarse medicamentos, se utilizaba la albúmina (una proteína plasmática) para que no se diera positivo;​ en el caso de las transfusiones sanguíneas, se administraba plasma antes de los controles para ocultar la reposiciones de concentrados de hematíes.​ En el caso de los controles de orina, el deportista debía frotarse las manos con los polvos de la Madre Celestina antes de realizarse el control, ya que las proteasas que contenían dichos polvos hacían que las proteínas de la orina fueran diluidas, evitándose así dar positivo.​​ Fuentes utilizó ese piso de Limoges el 12 de julio de 2004, día de descanso del Tour de Francia previo a las decisivas etapas pirenaicas, citando de uno en uno (para que no coincidieran) a sus clientes ciclistas para proceder a las reinfusiones sanguíneas (autotransfusiones) con la sangre previamente extraída (probablemente un mes antes, en junio, y que habría sido guardada en ese piso).​ Uno de los clientes de Fuentes ese día identificó en la vitrina del piso, entre otros trofeos ciclistas, el trofeo al ganador de la clasificación por puntos de la Vuelta a Burgos de 2000 que ganó Hervé.​ Según meson del puerto publicó el diario El País, la Guardia Civil habría identificado al exciclista francés Pascal Hervé como el contacto de Eufemiano Fuentes en Francia.​ Hervé, retirado en 2001 tras haber sido uno de los primeros ciclistas en dar positivo por EPO gracias a las nuevas técnicas de detección, habría facilitado a Fuentes un piso de su propiedad en Limoges (situado junto a su restaurante, La Bibliothèque, ubicado en la antigua biblioteca municipal).​ Según el diario alemán Süddeutsche Zeitung, el propio Choina acudiría a España (según confesiones a sus amigos), concretamente a Gran Canaria (isla de la que es oriundo Fuentes), para tratar personalmente a clientes deportistas de alto nivel, e incluso habría propuesto a algún colega de la clínica su incorporación a la trama.​

Kaleja, una palabra sefardí que significa "callejón", es el nombre que da vida a este restaurante malagueño con estrella Michelin. Con pasión y destreza, García y el jefe de cocina, Sergio Solano, transforman los ingredientes en auténticas obras maestras que rinden homenaje al recetario tradicional malagueño con un giro contemporáneo, deleitando a todos los paladares con cada bocado. Un restaurante tradicional donde los protagonistas son los pescados y mariscos frescos, que llegan cada día de la lonja de Caleta de Vélez. El aceite de oliva virgen extra -oro líquido andaluz- impregna buena parte de sus platos, mientras que las verduras y hortalizas de la huerta local aportan frescura y color. Y también una gastronomía propia llena de platos, sabore y matices únicos. La Cosmo es un espacio gastronómico en el que predomina una gran barra con una cocina abierta al público.

La red ofrecía asimismo a sus clientes deportistas métodos para que la utilización de las técnicas dopantes mencionadas no dieran positivo en los controles antidopaje. En noviembre de 2009 se produjo en la zona de Valencia la Operación Grial, una nueva investigación contra el dopaje desarrollada por la Guardia Civil en torno al médico Walter Virú, colega del doctor Fuentes en el Kelme años atrás.​ El diario El País desveló que Virú ya había sido investigado en la Operación Puerto, pero que una súbita merma de efectivos hizo que los investigadores tuvieran que centrarse en la rama madrileña de la trama.​ La cocina mediterránea lidera el ranking con un 20% de los restaurantes seleccionados, seguida por la cocina de autor (14%) y la española (11%).

El pescado más fresco de la costa de Málaga

En el Balcón de los Montes, se aprecia un ambiente y un cariño por la cocina envidiable, en el que Cándida, dueña del negocio y Pepe como jefe de cocina, nos demuestran en su entrevista sobre el concurso de Lomo en Manteca de Los Montes de Málaga. La Venta Vázquez, fundada en 1958 por los bisabuelos de los actuales propietarios, la familia Bermúdez Vázquez, es un sencillo y pequeño hotel con restaurante, pero una referencia en cuanto a tradición, calidad y un gran ambiente lleno de amabilidad y buen trato. En 1992 la familia García Martín, pone en marcha su proyecto hostelero, Trepaolla, un restaurante con un gran encanto por su ubicación, sus vistas y sobretodo por sus instalaciones. Antonio cuenta que Galwey, de la que se tiene referencias del siglo XVIII, fue la primera venta conocida en los montes de Málaga, siendo la primera parada de postas, que había entre el puerto de Málaga y Granada. En el casco histórico de Marbella, el equipo de Skina crea de la mano del chef Marcos Granda, un menú exclusivo y una carta de vinos inigualable. Dani Carnero ha puesto toda su alma, su personalidad y su inquietud culinaria en su proyecto más personal, el restaurante Kaleja.

Sería el correo del grupo en sus actividades italianas,​​ llegando a desplazarse en ocasiones a un hotel de Madrid para recibir las bolsas de sangre y transportarlas al país transalpino.​​ El equipo dedicado al dopaje liderado por Eufemiano Fuentes en España no sería una organización aislada, sino que pertenecería a una red paneuropea de dopaje con células en distintos países del Viejo Continente; dichas células serían independientes en su funcionamiento, aunque con amplios acuerdos de colaboración entre ellas.​ Se pincharon teléfonos para grabar numerosas conversaciones telefónicas entre los responsables y clientes de la trama, que serían de gran importancia para descifrar los nombres en clave hallados en la documentación y bolsas sanguíneas incautadas durante los registros.

Recomendado por la Guía Repsol, el restaurante Dynamit instala en el centro de Málaga un poquito de los países nórdicos. En su carta destacan el sushi, los ibéricos, los arroces, y platos clásicos como el rabo de toro desmigado, la pijota de Málaga o el adobo malagueño frito. La fusión japomalagueña que propone en sus platos captura la esencia de Málaga con un giro creativo e inesperado.

La Abogacía del Estado reclamaba que la inhabilitación a Eufemiano Fuentes se hiciera extensible al ejercicio de la medicina en general (no solo la deportiva), así como la entrega al CSD de las evidencias documentales y las bolsas de sangre intervenidas en el proceso para emprender en su caso las sanciones administrativas pertinentes; el CONI pedía además tener acceso a los ordenadores incautados.​​ El “caso Armstrong”, por la complejidad de la trama y por la relevancia del propio condenado, motivo un aumento del interés mediático sobre el dopaje y la lucha contra el mismo en todo el mundo, atrayendo una mayor atención sobre el juicio de la Operación Puerto.​​​ Y es que dado que desde la comisión de los hechos potencialmente sancionables hasta la disposición de las evidencias por parte de los organismos competentes habrían transcurrido ya más de ocho años, plazo máximo para imponer castigos por dopaje en la mayoría de casos, las violaciones de la normativa antidopaje podían considerarse prescritas. De esta manera, existía la posibilidad de que incluso aunque las autoridades deportivas tuvieran en algún momento acceso a las pruebas recabadas (bolsas de sangre, documentación…) no fuera posible sancionar a través de la justicia deportiva a los deportistas implicados como clientes de la red. De esta forma, y siendo un posible delito contra la salud pública la única acusación formal admitida, la máxima pena a la que podían enfrentarse los acusados era de hasta dos años de cárcel, por lo que incluso en ese caso no ingresarían en prisión si carecían de antecedentes penales.​

El Juzgado de Instrucción n.º 31 de Madrid (encargado de la Operación Puerto y cuyo juez titular es Antonio Serrano) certificó por escrito que no existía ninguna imputación contra varios ciclistas.​ Esto se debía a que la investigación del juez Serrano se centraba en un presunto delito contra la salud pública, no en la trama de dopaje, que no fue investigada por el juez al no ser el dopaje delito en España en ese momento,​ motivo por el cual los clientes ciclistas (no todos los identificados) que declararon ante el juez lo hicieron como testigos, no como imputados.​ El 22 de junio el Astana-Würth (continuador del Liberty Seguros y propiedad de Manolo Saiz) fue ratificado para su disputa en el Tour de Francia 2006 por la UCI, al no disponerse en ese momento de suficientes pruebas en contra del equipo.​ Sin embargo, el 25 y 26 de junio el diario El País publicó un extenso reportaje sobre la investigación del caso realizada por la Guardia Civil, revelándose la implicación de responsables y ciclistas (más de la mitad del total) en la red de dopaje desarticulada. El 14 de septiembre de 2006, como consecuencia de una investigación dirigida por el fiscal de Bonn Friedrich Apostel que investigaba un presunto delito de fraude a su equipo, la policía entró en la casa de Jan Ullrich (identificado por la Guardia Civil como cliente de la red de dopaje de Eufemiano Fuentes) de Suiza y recopiló material de ADN mientras Ullrich estaba de luna de miel con su esposa Sara.​​ Los abogados de Ullrich lograron que las muestras tomadas en Suiza no pudieran ser utilizadas para cotejar el ADN de Ullrich con la sangre de la Operación Puerto,​ aunque el corredor accedió a dar una muestra de saliva a las autoridades alemanas.​ Al centrarse en un posible delito contra la salud pública (al no ser el dopaje un delito en España), el juez se negó a confirmar (utilizando las pruebas de ADN) la identidad de los deportistas clientes de Eufemiano Fuentes identificados por la Guardia Civil,​ aunque algunas muestras concretas han sido autorizadas para su envío a Italia y Alemania,​ confirmándose en todos los casos las identificaciones realizadas en su momento por el instituto armado. La actitud del juez Serrano y de las instituciones españolas, contraria a continuar con la investigación o a facilitar las pruebas ya recabadas, provocaron numerosas críticas de organismos internacionales (AMA y UCI) y de federaciones extranjeras (como el CONI italiano),​​​ iniciando algunas de estas instituciones sus propias investigaciones y procedimientos sancionadores sobre el caso (de hecho, todas las confirmaciones y sanciones de clientes deportistas efectuadas hasta el momento se han producido fuera de España).